Dne 20.10.1999 došlo přidělením identifikačního čísla k založení mikroregionu Horní Vltava-Boubínsko.
Předmětem činnosti tohoto mikroregionu je prosazování záměrů týkajících se svým rozsahem a významem spádového území a další aktivity, související s propagací mikroregionu a celého zájmového území.
Samotné jádro Mikroregionu Horní Vltava-Boubínsko tvoří obce na území NP a CHKO Šumava. Obce leží v povodí horní části Studené a Teplé Vltavy a okolí Boubína .
Mikroregion Horní Vltava-Boubínsko měl při vzniku 13 členů - jedná se o města a obce : Vimperk, Volary, Želnava, Nová Pec, Stožec, Strážný, Lenora, Volary, Horní Vltavice, Kubova Huť, Borová Lada Kvilda, Buk, Vimperk, Zbytiny.
Podíl Mikroregionu Horní Vltava-Boubínsko na rozloze okresu Prachatice je 46,86%.
Mikroregion Horní Vltava-Boubínsko má úzký vztah k několika velmi významným územním celkům. Hlavní z nich jsou Národní park Šumava a Chráněná krajinná oblast Šumava.
NP a CHKO Šumava jsou ochranářské prvky a jako takové mají velmi důležitou roli pro rozvoj cestovního ruchu v regionu.
Mikroregion Horní Vltava-Boubínsko vznikl z potřeby koordinace a společného postupu při rozvoji cestovního ruchu/ plánování cyklotras v území/.
Postupem času přerostla potřeba koordinace celkového rozvoje regionu
- součinnost na významných investičních akcích
- zkvalitnění infrastruktury
- zvýšení kvality občanské vybavenosti území
- řešení nedostatku pracovních příležitostí
- optimální využití místních zdrojů pro ekonomický rozvoj obcí
- koordinace obecních územních plánů a územní plánování v regionu
- slaďování zájmů a činností místních samospráv a společné ovlivňování výkonu státní správy v zájmovém území
- propagace Mikroregionu Horní Vltava-Boubínsko a celého zájmového území
- všeobecná ochrana životního prostředí v Mikroregionu Horní Vltava-Boubínsko
- vytváření podmínek pro rozvoj turistiky jako celku
Pro dopravní propojení Mikroregionu je rozhodující silnice I.třídy č. České Budějovice Houžná a č. I/4 Strážný – Praha a železniční tratě Volary- Kájov a Volary –Strakonice.
Pro ekonomiku v Mikroregionu Horní Vltava-Boubínsko je stěžejní zemědělství, lesnictví, dřevařství, služby, cestovní ruch a drobný místní průmysl.